南京本科院校共有35所。这些35所本科院校如下：南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京邮电大学、南京工业大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学、南京财经大学、江苏警官学院、南京体育学院、南京艺术学院、三江学院、南京工程学院、南京审计大学、南京晓庄学院、南京特殊教育师范学院、南京森林警察学院、东南大学成贤学院、金陵科技学院、南京大学金陵学院、南京理工大学紫金学院、南京航空航天大学金城学院、中国传媒大学南广学院、南京工业大学浦江学院、南京师范大学中北学院、南京信息工程大学滨江学院、南京审计大学金审学院、江苏第二师范学院。

材料补充：

1、南京大学（Nanjing University）简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列“双一流”A类、“985工程”、“211工程”重点建设高校。

2、东南大学（Southeast University）简称“东大”，本部位于南京，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程重点建设高校。

3、南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）简称南航（NUAA），位于江苏省南京市，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学。

4、河海大学（Hohai University）简称“河海（HHU）”，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学。

5、南京医科大学（Nanjing Medical University）位于江苏省南京市，是教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、江苏省人民政府共建高校和江苏高水平大学建设高校。